Η εφαρμογή του Ηλεκτρονικού Τελωνείου, έργο που αναμένεται να ολοκληρωθεί έως το 2013, θα φέρει σημαντική μείωση στο χρόνο εκτελωνισμού των προϊόντων και μείωση του κόστους των επιχειρήσεων από 1,5% έως 15% ανάλογα με το είδος του εμπορεύματος και το μέσο μεταφοράς. Η ύπαρξη ηλεκτρονικού περιβάλλοντος στα τελωνεία θα συμβάλει στην ταχύτερη παράδοση εμπορευμάτων, ενισχύοντας παράλληλα την ασφάλεια των συναλλαγών, τη διευκόλυνση της ροής του εμπορίου και τη βελτίωση των παρεχόμενων προς τους πολίτες υπηρεσιών.

Μια από τις σημαντικές καινοτομίες, που θα εισαγάγει το Ηλεκτρονικό Τελωνείο, είναι η δυνατότητα των τελωνειακών αρχών να γνωρίζουν εγκαίρως τα φορτία που πρόκειται να υποδεχθούν, γεγονός που θα τους επιτρέπει να πραγματοποιούν στοχευμένους ελέγχους σε ύποπτα φορτία.